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Instalando e usando o Freesurfer

by manuel on February 25th, 2013

Instalação e configuração

1. Download: http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/Download

2. Instalação Mac OS: http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/MacOsInstall

3. Configuração:
3.1 Abrir terminal e navegar para o home (/Users/<user>)
3.2 Digitar > sudo vi .tcshrc
3.3 Digitar > i para inserir, colar:

setenv SUBJECTS_DIR <subjects_directory>
setenv FREESURFER_HOME /Applications/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.csh

Onde <subjects_directory> = pasta onde irão todas as imagens/arquivos – uso subjects no meu Desktop

3.4 Apertar ESC, digitar > :wq! para salvar e fechar

4. No terminal digitar > tcsh

5. Se tudo tiver dado certo irá aparecer:

——– freesurfer-Darwin-leopard-i686-stable-pub-v5.1.0 ——–

FREESURFER_HOME /Applications/freesurfer
FSFAST_HOME /Applications/freesurfer/fsfast
FSF_OUTPUT_FORMAT nii.gz
SUBJECTS_DIR /Users/Me/Desktop/subjects
MNI_DIR /Applications/freesurfer/mni

6. Instale a licença: registre em http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/, copie as linhas que serão enviadas por e-mail, crie um arquivo de texto license.txt no desktop usando o vi e cole a licença. Salve e copie para a pasta do Freesurfer usando sudo mv license.txt /Applications/freesurfer .

7. Testando o Freesurfer: http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/TestingFreeSurfer

Uso

7. Baixar MRI Convert: http://lcni.uoregon.edu/~jolinda/MRIConvert/

8. Abrir MRI Convert:
8.1 Selecionar imagens DICOM dos pacientes (Seq T1 volumétrica) – pode selecionar várias pastas
8.2 Formato Nifti
8.3 Mudar options e directory de saída
8.4 Convert all: todas as imagens .dcm de cada paciente serao convertidas em um unico volume .nii por paciente na pasta de saída definida

9. Abrir terminal > tcsh, navegar para pasta com os arquivos .nii

10. Importar os dados do seu paciente para pasta subjects:
> recon-all -i <invol> -subjid <subject_name>
Onde <ivol> = id_paciente.nii e <subject_name> = ID do paciente. Repetir para cada paciente/volume.

11. Rodar recon-all:
> recon-all -all -subjid <subject_name>
É possível rodar vários recon-all, um após o outro, colocando as linhas em um arquivo run.sh e executando esse arquivo pelo comando > sh run.sh. Para rodar junto, usar & após cada linha. Ex para quatro reconstruções simultâneas:

recon-all -all -subjid ID001&
recon-all -all -subjid ID002&
recon-all -all -subjid ID003&
recon-all -all -subjid ID004

Importante criar esse arquivo pelo terminal usando o vi (> vi run.sh >> i >> colar texto >> ESC >> :wq!), senão pode dar problema depois. Uma vez criado, o run.sh pode ser editado pelo editor de texto do Mac.

12. A pasta subjects terá uma pasta para cada subjid contendo todos os dados do paciente.

Mais info:
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/RecommendedReconstruction

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